Vnějškově Džoserova pyramida dominovala jako rezidenční hrobka typu butoské mastaby.

Dosud se však počátky komplexu vykládaly navýsost hypoteticky a abstraktně. Vyházelo se z myšlenky, že šlo o jakési stavební združování existujících prototypů údolních okrsků a zdánlivých mohylových hrobů.

Podle nejnovějších teoretických závěrů z průskumu architektury nebyl hrobový komplex od počátku plánován v tak ohromném a rozsáhlém měřítku, ale vyrostl během více než dvou desetiletí v několika stavebních fázích a po několika změnách plánu.

Zpočátku měl být komplex o rozměrech 300 metrů v severojižním a 113 metrů ve východozápadním směru pouze poloviční, přitom však jeho základní stavební součásti již existovaly: 10,5 metrů vysoká kamenná ohradní zeď s nikováním, králova hrobka se zádušním chrámen na severu, u jižní ohradní zdi takzvaný jižní hrob s kaplí- to byly základní prvky této stavební fáze.

Vysoké stély se jmény Džosera a jeho královen, chráněné bohem Anupem, vyznačovaly hranice komplexu.

Nadstavba královy hrobky byla od začátku plánována jako trojstupňová mastaba, která byla podobně jako jižní hrob orientována východozápadně, zatímco veliký slavnostní dvůr na jihu a severu vymezovaly obě vysoké stavby.

Až v druhé stavební etapě, poté co trojstupňová mastaba s královým hrobem a jižní hrob již byly rozsáhle dokončeny, byla superstruktura mastaby přeměněna ve stupňovitou pyramidu.

Podle původního plánu se měly všechny tyto 4 stupně zachovat. Projekt byl, jak je možné doložit na východní straně pyramidy, dokončen pouze do úrovně nad oba nižší stupně mastaby, protože se stavitel rozhodl zvětšit a zvýšit stavbu na šesti stupňovou pyramidu o výšce 62,5 metru.

Zvýšením stupňovité mastaby a její přeměnou ve stupňovitou pyramidu dosáhla králova hrobka v tomto stavebním komplexu ústředního postavení.

Forma jižního hrobu naproti tomu zůstala nezměněná a její výška jen o málo převyšovala jižní ohradní zeď.

Existence dvou hrobek v jednom hrobovém komplexu je jednou z dosud nevysvětlených zvláštností Džoserova komplexu.

Zvýšení a rozšíření původní stupňovité mastaby na stupňovitou pyramidu podmínilo také zvětšení základové plochy, proto musely být přestavěny vstup do pyramidy i zádušní chrám na sever od ní

Džoserův komplex byl nejen modelem královské rezidence, jak se doposud předpokládalo, ale v také kameni podané zobrazení existence a života v pozemském Egyptě.